Việc kê khai, nộp các loại tờ khai, báo cáo các loại thuế hàng kỳ là nhiệm vụ quan trọng chủ yếu của các kế toán. Tuy nhiên, có những tình huống về thuế, hóa đơn, chứng từ,…mà không phải ai đang làm kế toán thuế cũng xử lý được. Đơn cử như kiểm tra, xử lý hóa đơn đầu vào là hóa đơn của công ty bỏ trốn. Khi đó, những hóa đơn này có được coi là hợp pháp, hợp lệ không? Doanh nghiệp có được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và được đưa vào chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp hay không? Cách xử lý hóa đơn đầu vào là hóa đơn của công ty bỏ trốn như thế nào?

1. Kiểm tra doanh nghiệp bỏ trốn trước khi xử lý hóa đơn

Để kiểm tra đối tác của mình có thuộc diện đã bỏ trốn hay không, doanh nghiệp có thể thực hiện một trong các cách sau:

- Cập nhật thông báo của cơ quan thuế về danh sách các doanh nghiệp bỏ trốn.

- Đến trực tiếp địa điểm kinh doanh hoặc xin xác minh của họ các thông tin của công ty có nghi ngờ bỏ trốn…

- Kiểm tra xem hóa đơn đó có hợp pháp hay không bằng cách truy cập vào website: tracuuhoadon.gdt.gov.vn.

Tuy nhiên, các cách trên đều chỉ có tính tương đối. Vì vậy, doanh nghiệp nên tìm hiểu rõ thông tin về nhà cung cấp trước khi mua hàng để tránh rủi ro gặp phải hóa đơn đầu vào là hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn.

2. Xác định thời điểm phát sinh hóa đơn đầu vào

Trường hợp doanh nghiệp phát hiện hoặc được cơ quan Thuế thông báo về những hóa đơn đầu vào là hóa đơn của công ty bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh thì kế toán phải xác định xem thời điểm phát sinh hóa đơn đầu vào đó là trước hay sau khi doanh nghiệp bỏ trốn:

- Nếu hóa đơn phát sinh trước ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn: Cục Thuế phải kiểm tra xem xét, đối chiếu với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp để xác định có hàng hóa thực tế mua hay mua bán hóa đơn khống để xử lý vi phạm và yêu cầu doanh nghiệp chứng minh và chịu trách nhiệm trước pháp luật việc mua bán là có thật: có hợp đồng mua bán, văn bản chứng từ thanh lý hợp đồng (nếu có), phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán tiền; hàng hóa, dịch vụ mua vào của doanh nghiệp bỏ trốn được sử dụng để phục vụ hoạt động kinh doanh đã bán ra và đã kê khai thuế, có hạch toán kế toán đầy đủ, đúng quy định thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

- Nếu hóa đơn phát sinh sau ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn: doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN .

3. Cách xử lý hóa đơn đầu vào là hóa đơn của công ty bỏ trốn

- Trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT: Cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để tạm dừng kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chờ kết quả chính thức cơ quan có thẩm quyền. Doanh nghiệp chỉ được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn không có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

- Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT: thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ.

Nếu doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định thì doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật, đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định. Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phải thực hiện xác minh, đối chiếu với doanh nghiệp có quan hệ mua bán về một số nội dung sau:

+ Kiểm tra, xác minh về hàng hóa: Hợp đồng mua bán hàng hóa (nếu có); hình thức giao nhận hàng hóa; địa điểm giao nhận hàng hóa; phương tiện vận chuyển hàng hóa; chi phí vận chuyển hàng hóa; chủ sở hữu hàng hóa và nguồn gốc hàng hóa (trước thời điểm giao nhận hàng hóa)

+ Kiểm tra xác minh về thanh toán: Ngân hàng giao dịch; đối tượng nộp tiền vào tài khoản để giao dịch; số lần thực hiện giao dịch; hình thức thanh toán; chứng từ thanh toán.

+ Kiểm tra xác minh về xuất khẩu hàng hóa: Tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất của Cơ quan hải quan; chứng từ thanh toán qua ngân hàng; Vận đơn (nếu có).

Qua thanh tra, kiểm tra nếu xác minh được việc mua bán hàng hóa là có thực và đúng với quy định của pháp luật thì giải quyết cho doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế GTGT; đồng thời yêu cầu doanh nghiệp cam kết nếu trong các hồ sơ, tài liệu doanh nghiệp xuất trình cho cơ quan Thuế sau này phát hiện có sai phạm, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.

Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự.

Nếu việc tạm dừng khấu trừ thuế dẫn đến tăng số thuế GTGT phải nộp thì Cơ quan thuế có trách nhiệm tổng hợp, theo dõi các trường hợp này, chưa yêu cầu nộp và chưa tính phạt nộp chậm chờ kết luận chính thức của Cơ quan có thẩm quyền.